Chez Klinghardt, le sujet du mercure joue un rôle important. Pour lui, il ne s'agit pas seulement des obturations dentaires en amalgame que beaucoup de personnes soupçonnent être une cause de problèmes de santé. Klinghardt affirme, ce qui est totalement faux, que "dans la littérature spécialisée allemande" il serait "prouvé" que l'autisme, les allergies et les maladies cutanées allergiques, l'asthme, les ADHS [troubles de déficit d'attention et hyperactivité] et les troubles épileptiques ont la même cause, à savoir, le mercure dans le système nerveux central. Klinghardt écrit spécifiquement pour l'autisme : "''L'autisme est une nouvelle pathologie crée par l'homme et c'est la raison pour laquelle elle sera évitable à l'avenir. Il existe un lien direct entre l'apparition et le niveau de gravité de l'autisme et la charge de poison chez un enfant avec des gènes défectueux (qui contiennent le code pour des enzymes de détoxification). L'autisme n'est pas multifactoriel : le mercure-ZNS'' [ZNS = Système Nerveux Central] ''constitue la seule clé pour la cause de l'Autisme.''"<ref>http://www.inkstuttgart.de/files/publikationen/autismus.pdf Lien mort<§ref>