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Die ETH Zürich und die Universität Zürich, an denen Ganser tätig war, distanzierten sich 2006 von seinen „völlig absurden Ideen“ und betonten, dass er sich dazu „als Privatperson“ äußere.<ref>SonntagsZeitung, 17. September 2006: [http://www.flickr.com/photos/patsch/245535515/sizes/l/ ''ETH und Uni Zürich gehen auf Distanz zu Verschwörungstheoretiker''] (Faksimile)</ref>

Die ETH Zürich und die Universität Zürich, an denen Ganser tätig war, distanzierten sich 2006 von seinen „völlig absurden Ideen“ und betonten, dass er sich dazu „als Privatperson“ äußere.<ref>SonntagsZeitung, 17. September 2006: [http://www.flickr.com/photos/patsch/245535515/sizes/l/ ''ETH und Uni Zürich gehen auf Distanz zu Verschwörungstheoretiker''] (Faksimile)</ref>

Auch andere Ereignisse mit terroristischem Zusammenhang stellt er gerne als "False Flag"-Operationen dar, also als nur vorgetäuscht durch angebliche Terroristen durchgeführte Aktionen, hinter denen aber tatsächlichlich staatliche Institutionen stünden. So stellt er zum Anschlag auf das französischen Satiremagazin ''Charlie Hebdo'' am 7. Januar 2015 fest: ''"Für mich ist der Terroranschlag auf «Charlie Hebdo» ungeklärt. Sicher ist, dass der militärisch-industrielle Komplex davon profitiert."''<ref name=BZB>bz Basel: [http://www.bzbasel.ch/basel/baselbiet/attentat-auf-charlie-hebdo-ist-meiner-meinung-nach-ungeklaert-128789007 «Attentat auf ‹Charlie Hebdo› ist meiner Meinung nach ungeklärt»] 02. Februar 2015</ref>

Auch andere Ereignisse mit terroristischem Zusammenhang stellt er gerne als "False Flag"-Operationen dar, also als nur vorgetäuscht durch angebliche Terroristen durchgeführte Aktionen, hinter denen aber tatsächlich staatliche Institutionen stünden. So stellt er zum Anschlag auf das französischen Satiremagazin ''Charlie Hebdo'' am 7. Januar 2015 fest: ''"Für mich ist der Terroranschlag auf «Charlie Hebdo» ungeklärt. Sicher ist, dass der militärisch-industrielle Komplex davon profitiert."''<ref name=BZB>bz Basel: [http://www.bzbasel.ch/basel/baselbiet/attentat-auf-charlie-hebdo-ist-meiner-meinung-nach-ungeklaert-128789007 «Attentat auf ‹Charlie Hebdo› ist meiner Meinung nach ungeklärt»] 02. Februar 2015</ref>

Im Ukraine-Konflikt interpretiert er bisher nicht abschließend geklärte Zusammenhänge als gegen Russland inszenierte Täuschungsmanöver: ''"Betrachten wir den Abschuss der MH17 in der Ukraine. Die Maschine könnte im Sinne einer False Flag Operation beispielsweise durch einen Jagdflieger der ukrainischen Armee abgeschossen worden sein"''.<ref name="BZB" /> Die Terroranschläge in Paris vom 13. November 2015 werden pauschal ebenfalls als fälschlicherweise dem IS (Islamischer Staat) zugeschriebene Taten bezeichnet. Obwohl es ein Bekennerschreiben und zahlreiche Hinweise auf einen islamistisch motivierten Anschlag gibt, vermutet Ganser, es ginge nur darum, Syrien zu diskreditieren. Einen Beleg für seine Annahmen bleibt er schuldig.<ref>Tele Basel (Video): [http://www.telebasel.ch/de/tv-archiv/&id=375122608 «Was steckt hinter den Anschlägen in Paris?»] 16. Novembder 2015</ref>

Im Ukraine-Konflikt interpretiert er bisher nicht abschließend geklärte Zusammenhänge als gegen Russland inszenierte Täuschungsmanöver: ''"Betrachten wir den Abschuss der MH17 in der Ukraine. Die Maschine könnte im Sinne einer False Flag Operation beispielsweise durch einen Jagdflieger der ukrainischen Armee abgeschossen worden sein"''.<ref name="BZB" /> Die Terroranschläge in Paris vom 13. November 2015 werden pauschal ebenfalls als fälschlicherweise dem IS (Islamischer Staat) zugeschriebene Taten bezeichnet. Obwohl es ein Bekennerschreiben und zahlreiche Hinweise auf einen islamistisch motivierten Anschlag gibt, vermutet Ganser, es ginge nur darum, Syrien zu diskreditieren. Einen Beleg für seine Annahmen bleibt er schuldig.<ref>Tele Basel (Video): [http://www.telebasel.ch/de/tv-archiv/&id=375122608 «Was steckt hinter den Anschlägen in Paris?»] 16. Novembder 2015</ref>